O trabalho do CECC está organizado em três diferentes grupos de investigação que permitem o cumprimento dos objetivos interdisciplinares, assegurando uma dinâmica contínua de conhecimento profundo. Neste sentido, a opção das linhas de investigação e a sua definição temática é simultaneamente uma questão que visa a organização da unidade de investigação de forma a definir as melhores formas para alcançar os resultados pretendidos. 

As linhas de investigação do CECC são: